R Markdown è uno strumento gratuito di R che permette di costruire documenti in cui combinare tabelle, grafici e testo formattato per generare report, presentazioni e dashboard di alta qualità. In questo articolo, scoprirai quali sono le funzioni base da utilizzare per creare il tuo primo report con R Markdown.
Indice
Cos’è R Markdown
R Markdown è un’estensione gratuita del software statistico R.
Questo pacchetto permette di creare dei report di alta qualità nel formato che preferisci (ad esempio, .doc, .pdf, html). I documenti creati con R Markdown sono poi completamente riproducibili e supportano sia output statici e dinamici. Inoltre, tra le sue funzionalità vi è quella di poter unire i tuoi commenti ai risultati e ai calcoli realizzati anche su altri script di R.
RMarkdown permette infatti di integrare in uno stesso documento codice eseguibile e testo. In particolare, RMarkdown prima processa la parte di codice, crea l’output e lo include in un file markdown utilizzando le funzioni presenti nel pacchetto knitr. Quindi trasforma questo file nel formato richiesto.
Esempio R Markdown
Ipotizziamo che il tuo obiettivo sia realizzare un report comprensivo di tabella, grafico e relativo commento per mostrare i risultati di un’analisi descrittiva.
Vediamo quindi passo passo come poter creare questo documento.
Come impostare le proprietà del documento
La prima parte di un documento RMarkdown (opzionale, ma estremamente utile) è una sezione YAML che descrive i metadati del documento: titolo, autore, data di creazione, abstract. In questo esempio, è stato assegnato un titolo al report e ne è stato indicato l’autore
- per assegnare un titolo, utilizza la funzione title:
- per inserire l’autore, utilizza la funzione author:
Successivamente, è stato definitivo il formato di output, utilzzando la funzione output:
In questo esempio:
- Il titolo assegnato al report è “Descrittive”
- L’autore è “Diego Sodini”
- Il formato di output è un documento Word.
Come collegare R Markdown ai risultati
Il comando da utilizzare è source()
Per dire ad R Markdown dove andare a prendere i risultati, ti basterà inserire all’interno delle parentesi il percorso del file (script di R) in cui sono presenti le analisi che vuoi mostrare nel report.
In questo esempio, i risultati sono stati salvati in uno script di R che si chiama “load.R” e si trova all’interno della cartella “codici”.
Come aggiungere una tabella
Possiamo quindi passare ad inserire all’interno del report la tabella contenente le statistiche descrittive.
Il comando da utilizzare è kable()
Tra i parametri che si possono specificare all’interno delle parentesi ci sono:
- x= ovvero il nome della tabella, così come è stato salvato nel file appena caricato
- caption= il titolo che si vuole dare alla tabella nel report
- digit= il numero di decimali che si vogliono mostrare nel report
In questo esempio:
- la tabella da inserire nel report si trova è stata salvata come “descrittive” all’interno dell’oggetto “descrittive_EXT1”
- il titolo che si vuole assegnare alla tabella delle descrittive è presente all’interno di un oggetto chiamato “original”
- i decimali da mostrare sono 2
Come aggiungere un grafico
Possiamo quindi passare al grafico.
Se all’interno dello script hai salvato il grafico in un oggetto puoi utilizzare la funzione print()
Se lo hai invece salvato come immagine (.png, .jpg, ecc…) puoi richiamarlo come file esterno ad R in questo modo: 
Come aggiungere del testo
Infine, puoi aggiungere un commento:
Riassumendo, di seguito trovi tutto il codice visto insieme nella sua versione standard
In alternativa, si può anche utilizzare l’editor visivo di Markdown.
Come visualizzare il report
Per poter ottenere il report, non ti resta che premere sul bottone blu con la scritta Knit. In questo esempio, il codice crea il seguente documento Word:
R Markdown: e adesso?
Se non hai ancora le idee chiare sul tipo di analisi da effettuare, ti consiglio di dare un’occhiata a questa guida pratica e gratuita alla statistica. Buona lettura!
Articolo scritto in collaborazione con Diego Sodini
